"Genotyp do poprawki? Naukowcy firmy Celera mogli popełnić błędy w rozszyfrowywaniu DNA człowieka"

Takie wątpliwości wywołało porównanie dwóch niezależnych wyników analiz genomu muszki owocowej (Drosophilia melanogaster), jakie przeprowadziła firma Celera oraz międzynarodowa grupa badaczy skupiona wokół „Projektu Genomu Ludzkiego".

- Na ponad 1000 znanych już genów prawie połowa rozszyfrowanych w obu badaniach kodujących je sekwencji w znacznym stopniu nie pasuje do siebie - twierdzi Samuel Karlin z Uniwersytetu Stanforda na łamach „Nature". Idealnie pokrywa się jedynie 26 proc. fragmentów zawierających znane już geny, a 29 proc. zgadza się jedynie częściowo. W pozostałych odcinkach rozbieżności sięgają ponad 1 proc.
Jeszcze większe mogą być one w badaniach nad znacznie bardziej złożonym ludzkim genomem. Według amerykańskiej firmy, zawiera on 35-40 tys. genów - jedynie dwukrotnie więcej genów niż mucha. Nie zgadzają się z tym badacze innych firm. William Haseltine, szef prywatnej firmy biotechnologicznej „Human Genome Sciences” w Maryland, jest przekonany, że naukowcy Celera pominęli w swych badaniach połowę, a może nawet dwie trzecie wszystkich genów człowieka. Jego zdaniem, w naszym genomie jest ich 90-120 tys. Podobnie uważa Palo Alto z firmy Incyte Pharmaceutical: w jego ocenie, ludzkie DNA może zawierać nawet 140 tys. genów. Kto zatem ma rację?

- Nie wypowiadam się na ten temat, uważam jedynie, że opublikowana w 1998 r. sekwencja DNA tego owada było nieco przedwczesna - podkreśla amerykański bioinformatyk Karlin. Inni naukowcy krytykują, że metoda badań J. Craiga Ventera, szefa firmy Celera, jest mało dokładna. Choć niewątpliwie przyśpieszyła badania, wiele błędów mogło się wkraść zarówno w przeprowadzonych za jej pomocą analizach kolejności ułożenia nukleotydów różnych organizmów, jak i w ocenie liczby genów znajdujących się w ich genomie.

Amerykański specjalista, nazywany Billem Gatesem biotechnologii, zastosował rewolucyjną technikę sekwencjonowania genomu określaną jako „shotgun” - strzelania do celu ze śrutu. DNA dzielone jest w niej na małe fragmenty, badane jednocześnie przez komputery i automatyczne aparaty. W ten sposób zamiast mozolnie analizować większe fragmenty genomu, ale o dobrze znanym uporządkowaniu, jak to robią inne ośrodki, można znacznie szybciej ustalić kolejność nukleotydów, w której zakodowane są geny. Powstaje jednak łamigłówka trudniejsza do złożenia w jedną całość. Jest większe ryzyko popełnienia błędu. Tak przynajmniej twierdzą naukowcy rywalizujący z firmą Celera. - Nie ma w tym nic zaskakującego, że zsekwecjonowane przez obydwa zespoły odcinki DNA nieco różnią się ze sobą. Jako sukces należy raczej uznać, że całkowicie pokrywają się one aż w połowie badanych genów i kodowanych przez nie białek - twierdzi Gerald Rubin, genetyk, który współpracował z Celerą w badaniach nad rozszyfrowaniem muszki. Craig Venter mówi wprost: naukowcy dzielą się na dwie grupy - tych, którzy dokonują czegoś ważnego i tych, którzy potrafią to jedynie krytykować. Obie te postawy są jednak równie ważne - bez weryfikacji badań przez innych badaczy nie byłoby postępu w nauce. Niezbędne są zatem dalsze badania. Międzynarodowy zespół naukowców zamierza sprawdzić skuteczność metody Craiga Ventera na przykładzie genomu myszy, który tak jak muszka został niedawno rozszyfrowany przez obydwie grupy rywalizujących ze sobą specjalistów. Jeden z nich - Hans Lehrbach, dyr. wydziału Instytutu Maxa Plancka zajmującego się w Berlinie biologią molekularną - podejrzewa, że wykorzystał on w pracach nad ludzkim genomem wyniki analiz na bieżąco przez nich publikowane w Internecie. Bez nich nie byłby on w stanie sobie poradzić - powiedział w wywiadzie dla tygodnika „Focus". Podobnie przed 4 laty naukowcy powątpiewali w sklonowanie nową metodą owieczki Dolly. Dziś nikt nie ma co do tego żadnych wątpliwości.

Zbigniew Wojtasiński - "Rzeczpospolita"